Foto: Amalie Ravndal
Det har lenge vært mulig å bestille ulike genetiske tester hos Biobank, men resultatet har ikke blitt lagret i noe register. Bestillingen av genetiske tester skjer i Storfekjøttkontrollen i samme oppsett som bestilling av avstamningskontroll. For raser med norske avlsverdier blir genotyping og dermed også gentester automatisk bestilt ved bestilling av avstamningskontroll. Resultatene publiseres i SFK på individkortet, i avstamningsbildet og på dyrets helseattest.
Avstamningskontroll og stambokføring som tidligere
Bestilling av avstamningskontoll og stambokføring fungerer på samme måte som tidligere. Du kan få oversikt over hele besetningen din under menyfanen genetikk og undermenyen stambokføring/genetikk eller du kan gå via avstamningsbildet for et dyr og videre inn på bestilling. Når du sender inn hårprøve for avstamningskontroll må du sende inn 3 prøver med minimum 20 hårstrå med hårrot i hver prøve. Ved å sende inn flere prøver kan Biobank lagre materiale til senere bruk som f.eks testing av nyoppdagede genetiske tester. Stambokføring og resultat på genetiske tester er uavhengig av hverandre. Stambokføringen er et bevis på at dyret har dokumentert avstamning og at de er renraset. Det sier ingenting om dyrets genetikk utover slektskap og det er derfor vi nå har fått på plass registrering av dokumentasjon om andre genetiske tester som er foretatt.
Genetiske tester
Det finnes mange ulike tester for å kartlegge dyrenes genetikk. Den mest kjente for produsenter i TYR er kanskje test for kollethet (hornløshet). Kollethet er for de fleste en ettertraktet egenskap. Man kartlegger da om dyret har arvet genvarianten for kollethet av både mor og far (status: homozygot) eller fra en av foreldrene (status: heterozygot, også kalt «bærer»). Siden genet for kollethet er dominant, vil homozygot kollede dyr alltid få kollede avkom mens avkommene etter et heterozygot dyr vil være avhengig av den andre forelderens genetiske status.
Andre genetiske analyser kartlegger genetiske defekter. Hypotrikose (hårløshet) er et eksempel vi har sett tilfeller av i Norsk Hereford. Det finnes også en genvariant som gir lyssensitivitet hos Limousin (protoporphyria), og på Charolais er det oppdaget genvarianter som kan føre til lammelser hos dyret (ataksi). Med stadig økende kunnskap om koblingen mellom DNA og fenotype, blant annet på grunn av genotyping og genomisk seleksjon, må vi regne med at vi i fremtiden vil få kjennskap til enda flere genetiske defekter.
Ulik grad av negative konsekvenser
Frekvensen av defektene vi kjenner til så langt er lave i de norske populasjonene, men i og med at dette er arvelige egenskaper er det en stor fordel å kunne kartlegge utbredelsen. TYR oppfordrer å teste dyr man har mistanke til. Fra 2021 vil alle dyr av raser med norske avlsverdier genotypes i forbindelse med avstamningskontroll (Angus, Hereford, Simmental, Limousin, Charolais og Tiroler). Dette er et ledd i utviklingen av genomiske avlsverdier men alle dyr som genotypes får samtidig svar på gentestene. For dyr av andre raser er det også mulig å bestille genotyping.
I det nasjonale avlsarbeidet er det særlig ved uttak av kandidater til fenotypetest at det er blitt testet for uønskede genvarianter siden dette er de kommende avls- og seminoksene. For eksempel blir aktuelle fenoytpetestkanditater av Hereford som har forfedre som er bærere av hypotrikose testet for det. Hvis de viser seg å ha arvet genvarianten blir de ikke tatt inn til test. Limousin og Charolais har de senere årene blitt testet for disruptive mutasjoner som gir muskelhypertrofi.
Ataksi, Hypotrikose og Protoporphyria som fenotype kommer av en recessiv genvariant. Det betyr at et dyr kan være bærer av defekten, men så lenge de ikke har arvet defekten fra både mor og far (homozygot) vil ikke dyret vise tegn til sykdom. I slike tilfeller er det viktig å vite at dyret er bærer for at man kan unngå å lage homozygote kombinasjoner hos avkom.
Muskelhypertrofi som fenotype skyldes unormale genvarianter i myostatingenet. Hos storfe kjenner vi til ni genvarianter, som deles i to kategorier, disruptive og missense genvarianter. Disruptive genvarianter gir stor muskelvekst, men er også forbundet med dårligere helse og funksjonalitet (som f.eks. mer kalvingsvansker og kalvedødelighet). De missense genvariantene gir en mindre grad av økt muskelvekst uten å gi negative konsekvenser for kalving eller dyrets helse.
Disruptive genvarianter: C313Y, nt419, E226X, nt821, E291X, Q204x. Missense genvarianter: S105C, F94L, D182N. Etter en kartlegging av status i den norske kjøttfepopulasjonen vedtok styret i TYR i sak 59-2013 at det ikke skal avles på disruptive genvarianter på Myostatingenet.
Ved import av utenlandsk genetikk vil TYR etterspørre analyser på kjente defekter, og hvis dyret er bærer vil det bli registrert i Storfekjøttkontrollen på samme måte som resultater for norske dyr.
Strategi for genetiske tester i norsk avlsarbeid
Geno har lenge hatt en bevisst strategi for kollethet. De har også oppdaget genvarianter som har negativ effekt som for eksempel fruktbarhetsdelesjonen. Det er ønskelig å begrense frekvensen av slike genvarianter. Strategien er å holde oversikt over utbredelsen og unngå kombinasjoner som gir dyr som blir syke. Desto mer vi kjenner til, jo mer utfordrende blir det å utelukke dyr fra avlsarbeidet selv om de er bærere, men dette er et viktig tiltak for å holde på den gode helsestatusen til norske husdyr.
Alt har en pris – send inn nok DNA første gang!
Det skal sendes inn 3 hårprøver med 20 hårstrå med hårrot i hver prøve.
På lik linje med avstamningskontroll, utføres gentestene på dyrets DNA. Det være seg blodprøve, hårprøve eller hudprøve. I TYRs avtale med BioBank benyttes hårprøver som DNA-kilde.
Hårprøver er et godt system for innsending av genetisk materiale. Det krever liten logistikk for å sende og motta prøver. Hårprøvene kan også lagres over lang tid, og man kan isolere DNA på nytt hvis man finner ut at man vil teste andre egenskaper ved en senere anledning. For å sikre nok DNA til fremtidige analyser må det sendes inn 3 hårprøver med ca.20 hårstrå med hårrot i hver prøve. Lurer du på hvordan man skal ta hårprøvene kan du se TYRs intruksjonsvideo.
Vi må være sikre på at gentester bestilt på ulike tidspunkt utføres på genetisk materiale tatt fra samme dyr. I noen tilfeller har man kanskje allerede avstamningskontrollert dyret i forbindelse med stambokføring, men så finner man ut i etterkant at man vil gjøre en gentest. I andre tilfeller bestilles en gentest først og deretter bestiller man avstamningskontroll og stambokføring dersom dyret fortsatt er ønsket som avlsdyr.
For å vite at det det er det samme dyret som blir testet, er det avgjørende at Biobank har nok genetisk materiale til å gjøre flere tester på samme prøve. Hvis Biobank ser at hårprøven som er sendt inn er for liten, vil de gi beskjed via SFK om at det må sendes inn ny og større prøve. Det vil ikke bli gjort noen tester før de har fått ny og større prøve.
I tilfeller der det bestilles en gentest på et dyr som tidligere er avstamningskontrollert men som det ikke er igjen nok genetisk materiale til å gjøre testen, vil Biobank også gi beskjed via SFK om at det må sendes inn nye hårprøver. For å sikre at hårprøven kommer fra samme dyr som tidligere innsendt materiale må det da tas en ekstra individkontroll, i tillegg til testen som ble bestilt. Dette vil føre til en merkostnad som du slipper hvis du sender inn nok materiale ved første sending.
Avlsarbeidet er et fellesskapsprosjekt
Som avls- og interesseorganisasjon for norsk kjøttfe er TYR opptatt av at storfekjøttproduksjonen i Norge skal være bærekraftig og lønnsom. Vi skal drive et avlsarbeid som gir friske og funksjonelle dyr, der dyrevelferd og etiske retningslinjer legges til grunn. Genetiske mutasjoner, både positive og negative, er et stort fagfelt og det skjer mye forskning rundt omkring i hele verden. TYR setter stor pris på tilbakemeldinger fra våre medlemmer hvis dere hører om nye mutasjoner eller opplever tilfeller i egen besetning som dere mistenker at kan ha genetisk sammenheng. Nå som gentestene blir registrert i Storfekjøttkontrollen vil det bli enklere å opprettholde en lav frekvens av kjente genetiske defekter i populasjonen.
Hvordan bestille gentest?
For å bestille genotyping må du logge inn i Storfekjøttkontrollen. Under fanen genetikk velger du stambokføring/genetikk. Her kan du søke opp dyr i din besetning og bestille avstamningskontroll, stambokføring og genotyping. På bestillingsskjemaet vil det stå om du trenger å sende med hårprøver eller ikke. Faktura sendes fra TYR på samme måte som ved stambokføring. For prisoversikt se HER!
Oversikt over genene som publiseres i SFK
Kollethet – test av dyrets genetiske hornstatus. Viser i hvilken grad dyret er bærer av hornet eller kollet genetikk.
Det finnes to mutasjoner som gir kollethet. Pc representerer en mutasjon med Keltisk opprinnelse og Pf representerer en mutasjon med Frisisk opprinnelse.
Muskelhypertrophy – tester om dyret har genvarianter på myostatingenet som gir muskelhypertrofi. Hos storfe er det ni kjente slike genvarianter, som deles i to kategorier. Disruptive genvarianter gir stor muskelvekst, men er også forbundet med dårligere helse og funksjonalitet (som f.eks. mer kalvingsvansker og kalvedødelighet). De missense genvarianter gir en mindre grad av økt muskelvekst uten å gi negative konsekvenser for kalving eller dyrets helse. Dyr som er bærere av disruptive genvarianter skal ikke avles på i Norsk avlsarbeid.
Disruptive mutasjoner: C313Y, nt419, E226X, nt821, E291X, Q204x
Missense mutasjoner: S105C, F94L, D182N
Bovine Progressive Ataxia – tester om dyret er bærer av en genvariant som gir Ataksi. Påvirkede individer får forstyrrelser i nervebanene som kan føre til lammelser. Begynner gjerne mellom 1 og 2 års alder, men kan begynne allerede ved 6 måneder. Kan forekomme i flere raser, men i Norge har vi bare sett det på Charolais. Heterozygote dyr vil ikke utvikle sykdom, men bør ikke brukes videre i avl. Homozygote dyr utvikler sykdom og er ikke egnet som avlsdyr.
Congenital Hypotrichosis – tester om dyret er bærer av en genvariant som gir Hypotrichosis. Fører til ulik grad av hårløshet hos kalver. Hypotrichosis kan forekomme i mange raser, men i Norge har vi bare sett det på Hereford. Heterozygote dyr vil ikke utvikle sykdom, men bør ikke brukes videre i avl. Homozygote dyr utvikler sykdom, og er ikke egnet som avlsdyr.
Bovine Congenital Erythropoietic Protoporphyria (BCEPP) – tester om dyret er bærer av en genvariant som gir BCEPP. Påvirkede individer får rød/brun misfarging av tenner, knokkelvev og urin, samt utvikler lyssensitivitet og får skorpedannelser i huden ved eksponering av sollys. De kan også utvikle nerveskader i beina som påvirker bevegelsen. Genvarianten kan forekomme i flere raser, men er mest utbredt hos Limousin. Heterozygote dyr vil ikke utvikle sykdom, men bør ikke brukes videre i avl. Homozygote dyr utvikler sykdom, og er ikke egnet som avlsdyr.
